ได้มีการจัดประชุมวิชาการทางวิศวกรรมเคมีแห่งประเทศไทยครั้งแรก และรายได้จากการจัดประชุม ได้ถูกนำมาใช้เป็นทุนในการจัดตั้งสมาคมฯ โดยมี คุณหญิงทองทิพ รัตนะรัต (ผอ.สถาบันปิโตรเลียมแห่งประเทศไทย) เป็นผู้นำในการก่อต้องสมาคมฯ อย่างไม่เป็นทางการ ต่อมาในปี 2537 ระหว่างการประชุมวิชาการฯ ครั้งที่ 4 ได้มีมติเห็นชอบร่วมกันจากหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมเคมีจากมหาวิทยาลัยต่าง ๆ ให้ดำเนินการจัดตั้งสมาคมวิศวกรรมเคมีและเคมีประยุกต์แห่งประเทศไทยขึ้นอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 5 พฤศจิกายน พ.ศ. 2539 ได้รับใบอนุญาติจัดตั้งสมาคม โดยมี ศาสตราจารย์ ดร.ปิยะสาร ประเสริฐธรรม เป็นนายกสมาคมฯ ท่านแรก และดำรงตำแหน่งจนถึงปี 2542 ในช่วงที่ ดร.ผาสุข กุลละวณิชย์ ดำรงตำแหน่งนายกสมาคมฯ ในช่วงปี พ.ศ. 2543 – 2545 คณะกรรมการบริหารและสมาชิก มีความเห็นว่า นายกสมาคมฯ ควรเลือกตั้งจากบุคลากรของสถาบันการศึกษาและภาคอุตสาหกรรม สลับวาระกัน ในช่วงปี พ.ศ. 2549 – 2551 คุณชลณัฐ ญาณารณพ (กจญ. บริษัท เอสซีจี เคมีคอลส์ จำกัด) ได้รับเลือกให้เป็นนายกสมาคมฯ ซึ่งมาจากภาคอุตสาหกรรมเป็นท่านแรก จนปัจจุบัน ปี 2564 สมาคมฯ ได้มีผู้ดำรงตำแหน่งนายกสมาคมฯ มาแล้วจำนวน 9 ท่าน